Québec, 1947. Les sœurs Lefebvre poursuivent vaille que vaille leur quête de bonheur. Solange, l’aînée, toujours novice chez les Augustines, pratique maintenant son métier d’infirmière auprès d’un jeune médecin qui s’entiche d’elle et soupçonne la fragilité de sa vocation. Succombera-t-elle à ses avances ? Les événements choisiront pour elle.
Monique, la cadette, travaille désormais dans un petit restaurant et vit avec son amie Lucienne qui a eu et gardé un enfant hors mariage d’un homme qui l’a abandonnée. Elle parvient tant bien que mal à joindre les deux bouts, mais désespère de trouver l’amour. Une tragédie va changer la donne et venir compliquer encore davantage son existence.
Jörg, de son côté, a traversé l’océan jusque chez lui, en Allemagne, regagnant son pays dévasté par la guerre et brisé par la défaite. Il ne reconnaît plus sa patrie et choisit de traverser la France afin de rallier un port où il compte refaire le chemin inverse pour revenir au Canada, obsédé par le rêve insensé de retrouver la jeune novice qui veillait sur lui à l’hôpital.
Dans le secret des voûtes, un habile mélange de romantisme, d’action et de mystère où s’affirme la lutte des femmes dans leur tentative de surmonter l’autoritarisme des hommes, de la société et de l’Église, à une époque charnière de notre histoire.